水性木器涂料的性能優勢主要體現于低毒或無毒，VOC的含量低，容易達到環保要求，符合當今涂料發展的大趨勢等。但是，水性木器涂料的許多固有性能也使其生產和施工產生了一些問題。首先，水的表面張力高達72．6dyn/cm，這使得水性木器涂料在流變性(流動、流平性)、泊泡性方面出現的問題比溶劑型涂料的多，解決也更困難；其次，水的蒸發潛熱大，干燥過程需要更多的熱量，在低溫高濕的情況下涂裝，涂膜的干燥性能差。過遲的干燥還會造成涂膜質量問題，例如失光、起“痱子”等病態。
水性木器涂料的成膜過程和制備決定了其涂膜的硬度低的特性，鉛筆硬度一般不超過2H。因為高硬度的涂膜—般具有很高的玻璃化溫度，用高玻璃化溫度的聚合物制成的乳液成膜溫度高，室溫廠涂裝很難得到高質量的涂膜。利用成膜助劉降低成膜溫度的幅度有限，用量過大時還會降低涂膜的性能。除非采用加固化劑的方法，否則硬度很難大幅度提高。
水性木器涂料的豐滿度不如溶劑型涂料，這臺兩個方面的原因：一是乳液的固體含量低(一般在30％~40％)．高固體含量的乳液穩定性差，撮制備困難。成膜物質的固體含量低導致涂膜的豐滿度差；二是乳液的成膜過程是乳液粒子凝結聚合成膜，不如溶劑型涂料中的處于溶液的分子成膜密實、平整，影響涂腹的豐滿度。水性木器涂料要得到滿意的豐滿度，通常靠增加法裝道數實現。由于同樣的原因，水性木器涂料的光澤也低于溶劑型涂料。此外，水在低溫下結冰，必然帶來涂料的耐凍性差。